八尾別院の歴史は古く、慶長１２年（１６０７）、徳川家康より寄進された土地に本願寺第十二世教如上人が「大信寺」として開創したのが始まりとされています。教如上人は東西分派の中心人物であり、大谷派の派祖でもあります。以後、八尾別院は江戸時代を通じて、一如上人（後の大谷派十六代門首）等、本願寺住職の兄弟・子弟である連枝が住職をつとめ河内中南地域の門徒教化の中心的な役割を果たし、ながく「御坊さん」と親しまれてきました。

八尾寺内町の発展とともに、万治３年（１６６１）現在の地へ御坊を移転し、七堂伽藍からなる巨大な堂宇が整備されました。（絵図）本堂はその後、天明８年（１７８８）には京都でおきた大火災によって東本願寺が消失したため、本山の御影堂として移建されることになり、約十年間東本願寺の御影堂の役を勤め、再度、八尾に移築、再建されました。

しかし昭和２８年（１９５３）３月、白蟻の被害により本堂屋根が突然崩れ落ちました。以後、対面所を仮本堂としましたが、本堂復興を願う声が強くなり、昭和４１年（１９６６）現在の本堂が完成、翌年５月に大谷光暢門首（当時）の御親修により落慶法要と宗祖親鸞聖人七百回御遠忌法要が厳修されました。なお、旧御堂は麻布山善福寺（東京都）へ、山門・鐘楼は桑名別院本統寺（三重県）へとそれぞれ移築され、当時の面影を偲ばせています。